色による分類ではピンク系と赤系に大別される。 ピンク系トマトの果実はピンク色を呈し、赤系トマトの果実は濃い赤やオレンジ色を呈する。 海外では多くの品種が赤系トマトであるが、国産の品種は生食用として栽培されるものはピンク系のものが殆どであり、加工用品種、台木用品種やミニトマトに赤系のものが見られる。


ミニトマトは一度に10個以上実をつけることも珍しくない。地植えにして支柱を立ててやると1本のトマトから100個以上は収穫できる果実の大きさによる分類では大玉トマト、中玉トマト（ミディトマト）、ミニトマトに分類される。 大玉トマトの果重は200g以上、ミニトマトの果重は20～30g程度となり、この中間的な果重となるものは中玉トマトと称される。 ただし、栽培方法によって果重は変化し、水を極力与えず高糖度化をはかると大玉の品種も果実が小さくなる。 小さく甘みの強いフルーツトマトとは、高糖度化をはかったトマトの事であり、品種名を示すものではない。例えばフルーツトマトの代表的なものに高知県高知市一宮（いっく）地区の徳谷トマトがあるが、これは一宮の特に徳谷地区の土壌が塩分を含んでいるために成長が遅く、また小ぶりであるが糖度が高いもの指すが、この地区のトマトはほぼ糖度が6以上あるため該当しないものはあまりない。また、塩トマトがあるが、これは熊本県八代地域の干拓地など塩分の多い土壌で育成されたトマトの内特別に糖度が高いものを指す。品種は主に「桃太郎」である。

トマトは長らく独自の属（トマト属 Lycopersicon）に分類されてきたが、1990年代ごろからの様々な系統解析の結果、最近の分類ではナス属（Solanum）に戻すようになってきている。元々リンネはトマトをナス属に含めてlycopersicum（ギリシャ語lycos '狼' + persicos '桃'）という種小名を与えたが、1768年にPhilip Millerがトマト属を設立してつけたLycopersicon esculentumが学名として広く用いられてきた。この学名は国際植物命名規約上不適切な（種小名を変えずにLycopersicon lycopersicumとすべき）ものであったが、広く普及していたため保存名とされてきた。しかし系統解析によりトマト属に分類されてきた植物がナス属の内部に含まれることが明らかとなったため、ナス属を分割するか、トマト属を解消してナス属に戻すかの処置が必要になった。したがってリンネのやり方に戻して、学名もSolanum lycopersicumとするようになっている。